#!/usr/bin/perl -w
use strict;

my @first;
my $mb;

my @common_snps;
my $x1 = $ARGV[0];

open INFILE3, "$x1" or die "couldn't open $_\n";
while (<INFILE3>)
        {
	chomp;
	my @file_line = split('\t', $_);
	my $delt_count = 0;
	my $adelt_count = 0;
	my $bdelt_count = 0;

##SIFT#############
	if ($file_line[17])
		{
		if ($file_line[17] eq "D")
			{
			$adelt_count++;
			#print "1\t";
			}
		else 
			{
			#print "0\t";
			}			
		}
	else 
		{
		#print "0\t";
		}
##POLYphen##########
	if ($file_line[19])
		{
		if ($file_line[19] eq "D" || $file_line[19] eq "P")
			{
			$bdelt_count++;
			#print "1\t";
			}
		else 
			{
			#print "0\t";
			}			
		}
	else 
		{
		#print "0\t";
		}	

##MutTaster##########
	if ($file_line[25])
		{
		if ($file_line[25] eq "D" || $file_line[25] eq "A")
			{
			$delt_count++;
		#	print "1\t";
			}
		else 
			{
		#	print "0\t";
			}			
		}
	else 
		{
		#print "0\t";
		}

##GERP##########
	if ($file_line[37])
		{
		if ($file_line[37] =~ /\d+/ ) 
			{
			if ($file_line[37] >= 2)
				{
				$delt_count++;
#				print "1\t";
				}
			else 
				{
#				print "0\t";
				}			
			}
		else 
			{
#			print "0\t";
			}			
		}
	else 
		{
#		print "0\t";
		}


##CADD##########
	if ($file_line[36])
		{
		if ($file_line[36] >= 15)
			{
			$delt_count++;
#			print "1\t";
			}
		else 
			{
#			print "0\t";
			}			
		}
	else 
		{
#		print "0\t";
		}

##FATHMM##########
	if ($file_line[29])
		{
		if ($file_line[29] eq "D")
			{
			$delt_count++;
#			print "1\t";
			}
		else 
			{
#			print "0\t";
			}			
		}
	else 
		{
#		print "0\t";
		}

	if ($adelt_count == 1 && $bdelt_count == 1 && $delt_count == 4)
		{
		foreach(@file_line)
			{
			print "$_\t";
			}
		print "\n";
		#print "$file_line[0]\t$file_line[1]\t$file_line[2]\t$file_line[3]\t$file_line[4]\t$file_line[6]\t$file_line[17]\t$file_line[19]\n";
		
		}
	elsif ($file_line[15])
		{
		if ($file_line[15] =~ /COS/ && $adelt_count == 1 && $bdelt_count == 1)
			{
			foreach(@file_line)
				{
				print "$_\t";
				}
			print "\n";
			}
		}

	}
close INFILE3;

